По дороге из школы парень по имени Котаро Таканаши подвергается нападению и оказывается похищен. Придя в себя, он обнаруживает, что находится в запертой комнате какого-то заброшенного дома вместе с девушкой, попавшей туда по схожим обстоятельствам. Кто же стоит за этим и чего он пытается добиться?
В далёком будущем Галактический Альянс Людей ведёт войну с инопланетной расой Хидиас. Юный лейтенант войск альянса Ледо и его человекоподобное оружие Чембер во время битвы попадают в искажение времени и пространства. После этого они обнаруживают себя на Земле, в то время превратившуюся в полузаброшенную планету, полностью покрытую водой. Люди на Земле проживают в скоплениях огромных кораблей, в одно из которых, под названием Гаргантия, и попадает главный герой.
